Народное название фиалки трёхцветной — Иван-да-Марья, но так называют растения и некоторых других родов, — например, Марьянник дубравный (Melampyrum nemorosum) из семейства Норичниковые.

Другие народные названия растения: брат-и-сестра, мотыльки, полевые братчики, полуцвет, топорчики, троецветка.

В садоводстве анютиными глазками часто называют также гибридную фиалку Виттрока (Viola × wittrockiana Gams ex Hegi), имеющую более крупные и более яркоокрашенные цветки.

В качестве лекарственного сырья используют траву фиалки трёхцветной (лат. Herba Violae tricoloris), которую собирают во время цветения и сушат в проветриваемых помещениях, разложив тонким слоем, или в сушилках при температуре не выше 40 °С. Срок хранения сырья 1,5 года. Основные действующие вещества — флавоноиды (рутин, витексин, ориентин), антоцианы, салициловая кислота.